由于收买秦府猛将不成，李建成、李元吉用计使秦府左三统军总管程知节被放外任康州刺史，房玄龄、杜如晦也被诬告逐出秦王府，眼看秦王重要的谋臣武将一个个被调走，形势日益严重。长孙无忌、高士廉和右候车骑将军侯君集以及尉迟敬德等人，每日劝李世民及时动手除掉太子和齐王。房、杜和段志玄等人也拖延留居京师，双方的斗争已进入白热化阶段。

这时，突厥郁射设率数万骑屯黄河之南，进关南攻。在此以前，凡有突厥进扰，皆由秦王督军出战。这次，李建成推荐李元吉代秦王世民统军前往作战，高祖一口应允。李元吉向李渊提出调秦府尉迟敬德、程知节、段志玄及秦叔宝等同行，想乘此机会全部统领秦府的骁骑猛将，彻底解除秦府的武装力量。

同时，太子与齐王秘密商议说： “今汝得秦王骁将精兵，拥数万之众，吾与秦王饯于昆明池，使壮士拉杀之于幕下，奏之暴卒，主上宜无不信。吾当使人进说，令授吾国事。敬德等既入汝手，宜悉坑之，孰敢不服!”一场大屠杀眼看要降临秦王世民头上，而秦王还被蒙在鼓中。

正在这紧要关头，太子率更丞王胫向李世民秘密知告太子、齐王的阴谋，秦王急忙找长孙无忌、尉迟敬德等人商量对策。大家一致劝李世民抢先下手，李世民深忧骨肉相残，将给人留下话柄，因而犹豫不决，说： “吾诚知祸在朝夕，欲俟其发，然后以义讨之，不亦可乎!”尉迟敬德见秦王面临大祸，仍迟疑不定，急得大嚷道： “祸机垂发，而王犹晏然不以为忧。大王不用敬德之言，敬德将窜身草泽，不能留居大王左右，交手受戮也!”长孙无忌也接着道： “不从敬德之言，事今败矣。敬德等必不为王有，无忌亦当相随而去，不能复事大王矣!"李世民见两人都说要离去，自然不同意，忙说： “吾所言亦未可全弃，公更图之。”尉迟敬德进一步说道： “王今处事有疑，非智也，临难不决，非勇也。且大王素所畜养勇士八百余人，在外者今已入宫，摄甲执兵，事势已成，大王安得已乎!”

其实当时李世民的顾虑，主要还不在“骨肉相残”问题上，而在于当时的力量对比上。其时秦王府在京师的兵力远不如太子和齐王，而且太子、齐王分居两宫，一旦交兵，秦王府两面受敌，必然陷入险境。但事已如此，也只有冒险行动。想到这次风险太大，胜负难以预料，李世民心里很不踏实，于是命取龟占卜，以决凶吉。正在这时，幕僚张公谨从外面进来，见状大声反对道： “今大事已定，不能再犹疑，有什么可卜的?假如卜而不吉，那又怎么办?”说完取龟掷到地下。由于秦府的文武臣僚态度坚决，李世民终于打定了主意。

当然，事情非同小可，以弱势而制强敌，必须有一个严密、周到的行动方案。于是，秦王遣长孙无忌密召房玄龄、杜如晦入王府商议决策。房玄龄、杜如晦以前曾建议过李世民诛杀李建成、李元吉，但没有被采纳。现被贬在家，深恐秦王仍然疑而不决，半途变卦，便想用激将法再激他一下。

他们对长孙无忌说： “敕旨不听复事王，今若私谒，必坐死，不敢奉教!”长孙无忌如实向李世民报告，秦王听了果然大怒，说： “玄龄、如晦岂叛我邪!”接着取下佩刀授尉迟敬德说：“公往观之，若无来心，可断其首以来。”尉迟敬德与长孙无忌一起重新找到房、杜说： “王已决计，公宜速入共谋之。”这时，房玄龄、杜如晦才穿上道士服，化装后与长孙无忌潜入秦王府内，尉迟敬德则由另一条道进入。经过一夜商议，大计终定，于是分头布置行动。这一天是武德九年六月二日。

第二天，太白复经天，太史令傅奕密奏高祖： “太白见秦分，秦王当有天下。”高祖正在疑惑，秦王又密奏太子李建成、李元吉与尹德妃、张婕妤**，说： “臣于兄弟无丝毫负，今欲杀臣，似为世充、建德报仇。臣今枉死，永违君亲，魂归地下，实耻见诸贼!”高祖虽然感到愕然，但也不敢轻信，便说： “明言‘鞫问，汝宜早参。”说完下令通知太子、齐王明天早朝，由诸大臣公断曲直。

六月四日一早，高祖上朝，裴寂、萧璃、陈叔达、封德彝、宇文士及、窦挺、颜师古等人也已到齐，专等李建成、李世民、李元吉兄弟到达。而这时李世民却正带领尉迟敬德、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤秀云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝九人，伏于玄武门内。

玄武门是宫城北门，是内廷警卫驻扎重地，是出入内宫必经之路。李建成、李元吉得到张婕妤关于秦王向高祖密告的情况后，李元吉有些担忧，提出“宜勒宫府兵，托疾不朝，以观形势”。李建成却说： “兵备已严，当与弟入参，自问消息。”原来这天值班守宫门的北军将领是常何，常何本是李建成的亲信，所以十分放心。

他根本没有想到，常何已将李世民等人引入玄武门内，埋伏好了。两人行至临湖殿才觉有变，想掉头回马，李世民已骑马迎面而来。李元吉仓皇张弓，连射三矢，因控弦不开，皆未射中。李世民取弓还射，李建成当即中箭而死。这时，尉迟敬德带领七十骑赶来，左右射中李元吉坐骑，李元吉弃马往树林中逃。李世民纵马追去，不巧被树枝挂住衣服，坠马落地，李元吉趁机跳过来，压在李世民身上，李元吉力大，眼看李世民将倾刻亡命，正好尉迟敬德跃马而至，李元吉立即往武德殿奔逃，敬德引箭便射，将他杀死。

这时，太子东宫翊卫车骑将军冯立，与副护军薛万彻、齐王府车骑谢叔方等人率东宫、齐府精兵二千余人赶来攻玄武门。在玄武门的秦府兵不多，加上常何少量禁军宿卫兵，也难以抵挡，情势十分危急。云麾将军敬君弘、中郎将吕世衡领兵出战，皆战死。张公谨赶忙紧闭宫门抵抗，薛万彻力攻很久，不得入，遂鼓噪进攻秦府。正在这紧要关头，尉迟敬德持李建成、李元吉首级赶到，东宫、齐府将领和士兵见主子已被杀，无心恋战，遂溃逃而去。薛万彻与数十骑逃入终南山，冯立则解散部众，逃出宫城。双方血战终算告一段落。

随即，李世民派尉迟敬德前往海池舟上面见李渊，说： “秦王以太子、齐王作乱，举兵诛之，恐惊动陛下，遣臣宿卫。”李渊见事已如此，也无可奈何，改立秦王为太子，军国庶事，无大小悉委其处决。八月，高祖李渊退位为太上皇，传位于李世民，是为太宗。

秦王李世民在玄武门之变中，一举战胜太子、齐王的宫府集团，既有其必然因素，同时又有着很大的偶然性。东宫、齐府在京师的精兵有二千以上，秦府只有八百人，在兵力方面相差悬殊。要不是李世民收买了玄武门卫队首领常何等人，胜负是难以预料的。

对玄武门之变应该如何评价呢?

事变前夕，房玄龄就把策划诛杀说成是“遵周公之事，外宁区夏，内安宗社，申孝养之礼。”事隔十几年，唐太宗读国史， “见六月四日事，语多微文。”对房玄龄说： “昔周公诛管、蔡而周室安，朕之所为，义同此类，盖所以安社稷，利互旦旦二史官执笔，何烦有隐?宜即改削浮词，直书其事。”这里无非证明伏杀兄弟是正义的事情，而不是出于争权夺利。因此，唐朝官修史书总是把建成与元吉加以丑化，而对世民则尽量粉饰。直至五代，刘晌等人编撰《旧唐书》,也持相同的观点。史臣赞曰： “建成，元吉，实为二凶。中外交构，人神不容。用晦而明，殷忧启圣。运属文皇(唐太宗),功成守正。善恶既分，社稷乃定。”所谓“直书其事”,则未必能做到实事求是。

宋代以后，由于封建伦理道德和忠孝观念的加强，对玄武门之变持否定态度的多起来了。例如，司马光编撰《资治通鉴》卷一九一，特地加了按语： “立嫡以长，礼之正也。”认为唐太宗“推刃同气”实在是“贻讥千古”的事，表示了惋惜。范祖禹也说： “建成虽无功，太子也。太宗虽有功，藩王也。立于以长不以功。”明末清初有学者更是痛骂唐太宗“不可复列于人类”,说什么“太宗亲执弓以射杀其兄，疾呼以加刃其弟，斯时也，穷凶极惨，而人之心无毫发之存者也。而太宗命直书其事，无畏于天，无惮于人而不掩，乃以自信其大恶之可以昭示万世。”这些评论从封建伦理出发，从兄弟人情出发，不懂得封建统治集团内部争斗的残酷性，不可能正确地阐述玄武门之变的性质及其意义。

事实上，历代宫廷内“推刃同气”的事件，屡见不鲜，它们恰恰是封建专制主义包括皇位终身制、继位嫡长制的必然产物。玄武门之变就是唐初武德年间抢夺皇位继承权的最后一场的公开厮杀。正如有的学者指出：“唐自开国时建成即号为皇太玄武门子，太宗以功业声望卓越之故，实有夺嫡之图谋，卒酿成武德九年六月四日玄武门之事变。”

李世民参与晋阳起兵的密谋，特别在唐初统一战争中功勋卓著，因而不能不产生夺嫡的贪欲。房玄龄曾献计： “大王功盖天地，当承大业。”有个道士名叫薛颐，也对秦王世民说： “德星守秦分，王当有天下，愿王自爱。”正是在这种强烈的夺嫡图谋的驱使下，李世民及其府僚发动了玄武门之变。

然而，对封建统治集团内部争权夺利的斗争，应当作历史的具体的分析，不能笼统地加以完全否定。其实，玄武门之变还具有立嫡以长还是以功继位的意义。嫡长制所确定的人选，往往不是贤才，未必有治理国家的能力。

当然，李建成决不是旧史记载的那样残忍昏庸之徒，也不是无功勋无才能之辈。他为人宽简仁厚，善于物色人物，既能信任一些士族出身的人，也起用一些庶族出身的人。东官僚属如王珪、魏徵、韦挺、薛万彻、冯立等人，都是杰出的能臣武将。在唐初统一战争中，也建立了一定的军功。但是，与李世民相比较，无论是才能还是战功，都是相差一段距离的。李建成长期留守京师，囿于宫廷生活，缺乏远见与进取精神。他自以为京城“兵备已严”,而恰恰在玄武门守卫问题上出了大漏洞。他自以为皇太子地位牢固，秦王不过是“一匹夫”,而最后恰恰死在李世民的弓箭下。

至于李世民，固然是野心勃勃，但那种雄心奋发，积极向上的气概为其兄弟所没有。他长期转战各地，驰骋沙场，深入民间，接触下层，学会了一套老谋探算的本领。他战功显赫，凭借天策府和文学馆，尽力扩大政治影响。

前面已经提到魏徵在武德五年年底说的： “秦王功盖天下，中外归心。”一个东宫谋士的分析，确实反映了李世民在人们心目中的地位。如果根据立贤的原则，太子由世民来当，无疑是更加理想。但是，在李渊坚持嫡长制的情况下，在建成与元吉的竭力反对下，只能通过宫廷政变来解决。因此，玄武门之变一方面是剥削阶级自私本性的暴露；另一方面，客观上也是对传统的嫡长制的挑战。秦王世民的胜利，对于唐初社会历史的发展起了积极的作用。