统一高昌是平定吐谷浑的军事发展趋势，是统一西陲的壮举，也是打击西突厥的重要战略部署。

高昌辖境当今新疆吐鲁番地区，是通向天山南路、北路的出口，古代中西交通的要道——“丝绸之路”的必经之地。自汉以来直至北朝，中原王朝或西北的游牧民族都积极经营这个军事与交通要地。

翻氏高昌王朝是个以汉人为主体的封建割据政权，它长期受到汉族政治、经济、文化的影响，有较高的经济、文化水平。境内“厥土良沃，谷麦岁再熟，有葡萄酒，宜五果，有草名白叠，国人采其花，织以为布。有文字，知书计。”它不仅采用内地的政治制度，而且文字、语言、经书、刑法、风俗、婚姻、丧葬、宗教信仰与中原基本相似。

高昌处于天山南路的东部，是唐王朝通向天山南北的要冲。贞观四年，唐败东突厥，伊吾(今哈密)归附，高昌王翻文泰亲至长安，打开了唐与西域的通道。随后，吐谷浑与西突厥的崛起，使通道受阻。于是臣服于西突厥的高昌垄断了西域的商路，损害了日益扩大同西域经济、文化交流的唐王朝的利益。

贞观六年，唐太宗通过焉耆另辟蹊径，双方矛盾加深，卵翼于西突厥的翻文泰，阻隔西域诸国与唐通商，致使“商胡被其遏绝”。对途经高昌使唐的西域贡使，任意加以拘留、抢夺贡品，还侵扰唐的伊州和属国焉耆，扣留逃自西突厥、途经高昌南返的汉人罚作苦工，以致与唐王朝的关系越来越紧张。翻文泰之所以敢于与唐交恶，主要依恃西突厥的乙毗咄陆可汗的军事力量以及险恶的地理环境。

贞观十三年，唐太宗为了打击翻文泰的分裂割据活动，决定出兵平定高昌、统一西域。 “时公卿近臣，皆以行经沙碛，万里用兵，恐难得志，又界居绝域，纵得之，不可以守，竟以为谏。”唐太宗深谋远虑，力排众议，“皆不听”,毅然任命大将侯君集为交河道行军大总管，契芯何力为葱山道副大总管。翻文泰闻讯，以笑置之，认为高昌距唐七千里，其中二千里尽为流沙覆盖，地无水草，寒风如割，热浪似焚，行贾至者百不及一，岂有大兵安抵城下；即使顿兵城下，粮运不继，“食尽当溃，吾且俘而虏之。”

然而，出人意料，次年夏，侯君集大军竟然神奇般地到达碛口，翻文泰得悉，惊惧发病而死。其子翻智盛继位为王，加强城防，力图固守。唐军行军副总管确行本于贞观中曾任将作少匠，懂得器械制造原理。于是，他在距伊州柳谷百里之地， “依山造攻械，增损旧法，械益精。”围城之日，唐军“引撞车毁其堞，飞石如雨，所向无敢当，因拔其城”。继而，包围都城，翻智盛坚守，副将薛万均“麾军进，智盛惧，乃降。”至此，唐军全部收回了高昌三州五县二十二城的地方。从出兵到平定，时仅半年。

高昌平后，如何处置，又是一场争议。唐太宗主张以高昌置为州县，号西昌州。魏徵反对，理由是既难戍守又耗钱财，不如立其子以笼络人心。然而，唐太宗没有采纳。接着褚遂良上疏除了重弹魏徵的老调以外，建议“宜择高昌可立者立之，召首领悉还本土，长为藩翰”,结果是“书闻不省”,也被唐太宗默然地拒绝了。

一向对魏徵言听计从的唐太宗，为什么一反常态，坚持己见呢?这与他的统一西域的雄心是分不开的。在这个问题上，无疑唐太宗是正确的。尔后将高昌行政区域划归唐王朝版图， “改西昌州为西州，更置安西都护府，岁调千兵，谪罪人以戍”。

贞观十六年，他任命郭孝恪为安西都护、西州刺史，州治为高昌旧都。并“流徙罪人与镇兵”混杂戍守，由于地处沙碛，隔绝中国，戍兵怨苦，“孝恪推诚抚御，尽得其欢心”。可见，唐太宗任用得人，也说明他对高昌设州的重视。因为西域自汉以来就是中国的领土，唐太宗平定高昌是他从事统一西域的重要组成部分。高昌的统一，扩大了唐王朝的西部疆域，“于是唐地东极于海，西至焉耆，南尽林邑，北抵大漠，皆为州县，凡东西九千五百一十里，南北一万九百一十八里。”