唐太宗毕竟是封建帝王，他在健全科举制的同时，也辅之恩荫制。这里讲的“恩荫”,不包括经济上的庇护，而是指贵族官僚的子弟凭借父、祖的官爵而享有做官的特权，即指政治上的庇护。顾名思义， “恩”者，皇恩也； “荫”者，树荫也，即荫庇也。所谓“恩荫”,显示在浩**的皇恩之下、象征父祖的官职像树荫一样庇护子孙进入仕途。正如官职与树荫有大小样， “恩荫”也有等级之分，本官大者，荫人也多，荫职也显；本官小者，荫人也少，荫职也微。贞观时期，虽说“盛开选举”,但恩荫制一直是相辅而行的。

唐初的荫官继承隋制，所谓“叙阶之法，有以资荫”,规定一至五品的官员；都可荫及子孙做官，其中三品以上的最高级官员除荫子孙外，还可荫及曾孙。三品以上多属宰相以及勋戚之流，他们一人当官，四代沾光。

可见，恩荫是维护最高统治集团利益的封建等级特权。唐太宗制定恩荫制，说明他同前代帝王一样，是维护封建等级特权的。在特殊情况下，为酬功臣，甚至对其子弟格外开恩，还授职荫官之上。

如贞观十六年，功臣兼名将段志玄病危处于弥留之际，唐太宗亲临病榻，涕泣而别，为慰将亡之灵，预许“当与卿子五品”官衔，志玄要求“回授母弟志感，太宗遂授志感左卫郎将。”志玄为右卫大将军，官居正三品，按“资荫”叙阶之法，荫子不得五品；而且荫子不能转而荫弟，查《旧唐书·职官志》二载： “左右(卫)郎将各一人，正五品上。”可见，太宗授职五品，没有食言。这个例子，说明他并不完全按恩荫制规定办事，有时甚至还以皇权恣意横行。

唐太宗试图实行的功臣世封刺史，实质上也是他“资荫”思想的引申与发展；对建立军功的将领荫以其子爵位，本质上亦为他的“资荫”思想的衍化，所有这些无不是他浓厚的“资荫”思想的反映。

说明唐太宗实行“才选”的科举制的同时，并没有排除“荫选”的门荫制。为了维护门荫制，他还制定法律予以保护： “诸非正嫡不应袭爵而诈承袭者，徒二年；非子孙而诈承袭者，从诈假官法(即流二千里)。若无官荫诈承他荫而得官者，徒三年。”

唐太宗为什么保留恩荫制呢?这有其阶级根源与历史根源。

阶级出身的影响。唐太宗出身关陇贵族世胄，陇西李氏不管是冒牌士族也好，或货真价实的士族也好，总之是出之名门望族，这就使他不能不受到门第观念的影响。当他位居藩邸时，就注意搜罗谱学家以备顾问，这绝不能视为无谓的举动。

史载： “秦王府仓曹李守素，尤精谱学，人号称‘肉谱’。”李守素何许人也?《旧唐书》本传誉其“赵州人，代为山东名族。尤工谱学，自晋宋以降，四海士流及诸勋贵，华戎阀阅，莫不详究”。唐太宗任用李守素，不能说与他注重门阀的观念没有联系。

即位后，由于政治地位的极端尊贵，门阀观念比以前有更多的流露。也与乃父一样，不惜远攀老子李耳的血统，宣称“朕本出于柱史”。“柱史”者，老子职称也。这是追认老子为“皇祖”的由来。

房玄龄于贞观晚年抱病疏谏唐太宗远征时，特别指出， “愿陛下遵皇祖老子止足之诫”。可见，在此之前，唐太宗已把自己的家族血统强扯到圣贤教主的地位，这不仅导致了他晚年崇信道教、嗜好方士丹药，更重要的是反映了他企图抬高皇族血统以便凌驾名门阀阅的思想。既然唐太宗有门户之见，那么保留门荫制当然有他的阶级根源。

社会风气的影响。魏晋以来，社会上注重阀阅的风气，形成历史的惰性力量，这对唐太宗的思想也有影响。反映在选官上，往往讲究“资荫”阅历。

贞观元年，朝廷大开取士之门。有个曾在隋代担任“司户”的小吏，名叫柳雄的士子应选时，为了捞取称心的官职， “妄诉隋资”。有学者注云：“隋资”指“隋朝所授官资”, “妄诉”,就是妄加官品等级，即柳雄把任隋的史职伪造为官职资历。唐太宗事先曾对“诈伪资荫”者下了一道“令其自首，不首者罪至于死”的敕令，反映了唐太宗以皇权维护“资荫”选官的意志。

贞观十四年，唐太宗再次暴露了他的门户之见。他当众追问张玄素的官职：在隋朝担任什么官职?张玄素答称：县尉。唐太宗又问：未任县尉时担任何职?张答以不入品官的流外曹吏。又问：什么曹吏?这时，张玄素已感羞愧已极，脸色变得死灰一样，失魂落魄似的退出殿阁，几乎连腿都举不动了。其实，善于知人的唐太宗对政治履历早已了如指掌，却故作不知，一再追问，显然含有轻慢张玄素门第与资历的用意。这种过分的做法，连士族出身的褚遂良也感到不妥，禁不住对唐太宗进谏道： “玄素虽出寒微，陛下重其才，擢至三品，翼赞皇储，岂可复对群臣穷其门户!"唐太宗一方面提拔寒素出身的张玄素显任三品大官；另一方面又对他的往昔吏职当面轻蔑，这种矛盾的做法反映了唐太宗强调“才选”的同时又注重“荫选”的复杂思想。

正因为这样，唐太宗健全科举制的同时，仍然遗留“荫选”的入仕途径，后者必会反过来抵消科举制的进步作用，这突出地表现在对待达官贵人的科举特权方面，所谓“其资荫全高，试亦不拘常例，”科举制的推行，削弱了荫选的消极作用，而荫选的保留又限制了科举制的积极作用。这种矛盾的做法，对于处在封建时代的唐太宗来说，是不可能避免的。