万历对他的这三个主要教导人的反应各有不同，所相同的，只有一点，那就是，他都很怕他们。

李太后是万历最怕的一个人，她由于想要把小皇帝尽快教养成材，对他管得最严，查看得也最仔细。在万历即位为帝以后，李太后便从她所住的慈宁宫里迁出，搬到乾清宫中，去和万历同住。每逢临朝之日，李太后总是赶在五更之前起身，然后到万历的寝处，把他叫醒，以免误了临朝。关于万历的日课，她抓得更紧，万历每日课毕归来，李太后总要把当日所讲的书，要万历一一予以背诵和复讲，背不出或讲不成，便要罚他长跪朗读，直到能背、能讲为止。此外，李太后对万历的诸般行为也很注意，若发现了什么不良行为，轻则斥责、罚跪，被认为犯过较重时，还要予以笞责。如果过错犯得更重时，不但要把这个小皇帝管教到痛哭认罪，还要把作为师傅的张居正召来，要他一面向万历上疏切谏，把道理在疏文中讲足；一面替万历写出一道《罪己诏》，由万历亲手抄好，颁布内外。举例而言，万历有一次由一些小内监服侍着吃酒，酒后兴发，要一名小内监唱一支新曲来为他助兴。小内监推说不会，万历便拔出剑来，声言要把他杀了。经左右多方劝解，把那小内监的头发割了才罢。万历还说，这就叫“割发代首”。这事传到李太后那里时，李太后是先叫万历长跪示惩。跪过以后，才逐次深究他为什么要那样干，直问到万历痛哭不已，叩头认罪，才叫他起来，并且赶快抄写那份早已预备在那里的《罪己诏》。万历虽然最怕李太后，但因他们是亲母子，所以虽畏而不恨，他们的关系，一直处得都很好。

从监护小皇帝万历这一点上来说，冯保是李太后的助手，也是她和外廷之间的一个联系人。冯保也是个在内书堂读过书的内监，他的书，读得还很好。他还善于鼓琴，颇娴书法，是个多才多艺，又极工心计的人。从嘉靖到隆庆期间，皇帝对内监都管得较严，也很少让他们到外面去，所以在这差不多有50年的时间里，像王振、汪直、刘瑾、魏彬等那样的权倾人主，任意横行的宦官，可以说是已经绝迹多年，没有人能步及他们的后尘了。但是在冯保兴起以后，才又显现出了那种大珰的苗头。万历初年，冯保的权势，和王振、刘瑾等相比，已经是有点旗鼓相当的样子了。但是冯保的做法却和王振、汪直、刘瑾等人不同，他不像那些人那样，总要设法来引诱着皇帝胡为，借以扩展自己的恩宠和权势，他是要让万历怕他，来显示自己的声威，所以越是在别人面前，他越要摆出一副皇帝是由他来经管的样子。万历初登基时，群臣都来向他朝贺，冯保装出一副保护者的样子，紧随着受朝贺的万历。他站得紧挨御座，惹得举朝为之大哗，群臣们说，他们是来朝贺天子的，冯保是个什么东西！以一个宦竖，也敢想让群臣拜他吗？冯保除了以监护者的身份，使万历对他怀有敬畏之感外，还有两手更让万历怕他。最使万历怕的是，冯保像个影子一样，总在暗地里察看他，每逢有点什么出格的行动，冯保便要去向李太后密告，让他受到情况不等的惩罚。他所受到的惩罚，多半都是由冯保向李太后告发了的。另外一点则是，冯保常夺去他的心腹和玩伴。万历身边围绕着一些小内监，这些都是能想出各种花样，带领他到各处去玩耍的人，有一些又是他舞刀弄剑的小伙伴。他们做各种活动时，都要避开冯保的眼睛，不然便会有把他的那些玩伴给赶走的危险。他们在玩各种把戏时，戒备得很严，常要派出人去放哨，远远望见了冯保的影子，便立即传呼，“大伴来了！”于是正玩着的项目立停，万历还要装出正在读书的样子，以便瞒过冯保。万历虽然如此小心，但为他所爱的小太监还是被赶出去了不少，有很多人，万历连他们被赶往哪里去了都不知道。万历对冯保的感受很复杂，对他还是有些爱敬和倚赖，但也含有不少的讨厌和怀恨。在他开始临朝时，冯保总在近处照顾他，使他可以壮起胆子来，这些，万历是感激，并且觉得很需要的。对他总是跟踪窥伺，却又觉得很讨厌。对于向李太后告密，让他每每要受罚，则又很恨他。万历在他年事稍长以后，还效法他的祖辈，赐给冯保很多刻有褒奖词句的银章，以示对他的厚谊。银章上所刻的文句有“光明正大”“尔惟盐梅”“汝作舟楫”“鱼水相逢”“风云际会”等。这些词句，有些也许确是出自真心，怎么想着，就怎么刻上了。有些则不过是些现成的套语，随便说说而已。又有一些，则竟有点嘲笑的味道了，譬如，万历最恨的，便是冯保总向李太后那里暗告他，这不是什么光明的举动，印文却说他是“光明正大”，这种嘲讽，意味却也深长。

张居正一上来便是以师保的身份出现在万历面前的，所以万历自始便有些怕他，再加上李太后因为将教子成材、治理国事等至关重要的事，都托付给了张居正，对于他，除了满怀敬重而外，不免也带出了一些怯惧的神色，这就使万历更感到张居正的可怕了。事实也常加重了这一点，每当万历读书不够用心时，李太后便常常拿张先生来吓唬他，问他，“这叫张先生知道了可怎么办？”有时也说，“这事，张先生会怎么说呢！”这种时候，李太后显得更怕张先生，万历也就更加敬畏了。张居正每当晤对之余，还总要为万历讲些为君的立身之则、治国之道，他一板一拍地讲着，连李太后在一旁，也敬谨地听着，并连连点头，这就越发增强了万历对张居正的敬畏，觉得这位张先生真是了不起，朝政只有依靠着他了！

张居正在管理朝政上，确实也很有成就。他以尊主权、课吏职、信赏罚、一号令为主导定出了一套办法，用它来铲除官场上的许多积弊。另外，他还设立了许多文簿、册件，作为验证、考查之用。他办事认真，不容欺骗，一时间，倒真做到了言出法随，令行禁止的地步。张居正不但在内政上做出了一些成就，对外他也做出了一些受人称道的事。他刚柔并用，因势利导，利用敌方的内部矛盾，使之能为我用，安定了边塞的很多地方。在边塞之处，他放手任用李成梁、戚继光等人，他们都是治军多年，能征惯战的将领，张居正命他们监视着塞外诸部，平时厉兵秣马，有事则领兵出讨，使塞外诸部各自相安，不敢轻动。在张居正当国的那一段时间里，可以说，已经基本上清除了北方的边患。张居正的这种种成就，其见效很快，影响自然也大，一时令人都在赞叹称奇，就是那些受过他的惩戒，被斥退了的人，看到这些有利于国的事，也不免意折心服。但是这些成就给张居正带来的，却并非都是好事。他原来便很自负，这些无往而不利的情况，更让他沾沾自喜，越发把自己看成了个非凡的人物，使他更养成了威福自恣，对人或对事，常是以自己的喜怒为转移的习惯，并且成了个严于责人，拙于律己的人。张居正对于他的僚属，要求很严，要他们都要极为廉洁，一丝不苟。但他对于自己，却一点也不严格。他那时已经成了明代首辅中最有权威的一个，他能说能行，已经与前朝的那些宰相们很为相似，他每到一处人们都是百般设法来趋奉逢迎，以大量的奉献来求情的人更是数不胜数。张居正对于这些常常是毫无愧色地照单全收。不但如此，就是那些被抄没入官的土地，或是金珠货宝等物，他也常常侵吞入己，不以为意。由于他自奉若此，所以虽然他已很有成就，劳苦功高，但来亲近他的人，渐渐却变成了“正人日以少，佞人日以多”的情况。

万历对于张居正，从感情上来说，要更复杂一些。他对张居正的倚信和敬畏是与日俱增的，但在其中也夹杂者一些不快和不满。最使他感到不满的是，张居正在用钱上对他的限制太严，总不能让他够用，只要多用了一点儿，就会招来他的一大套唠叨，有时甚至是一本长篇大论的谏疏。他由小内监们帮着，也想了不少的生财之道，但常常又都是一开头就让张居正给死死堵住了，而且还要告诫他，以后可不能再这么办。最使他不快的是，张居正每次替他写《罪己诏》都太认真，想得那么周到，把罪情说得那么深，叫人抄着都脸红，对一个皇帝，怎么能这样呢？不过这都是些小事，算不了什么，主要的还是他对张居正的倚靠和敬重，似乎朝中的事，如果没有张居正，就什么也办不成。这种情况，在张居正父丧后，和他自己病重时，表现得最为突出。

张居正的父亲，是在万历五年，在他的家乡江陵去世的。丧情报到京里，使举朝都为之轰动。封建王朝，为了便于统治，自西汉以来，都重视以孝治天下，对于父母之丧更是注重。一般说来，无论官居何职，如有父母之丧，都要立行离职，奔丧到家，然后在家守孝。这种守孝，依制定为三年，称为“丁忧”。丁忧期满，才可回朝复任。到了明代，丁忧期已定为九个月便算一年，丁忧期已缩短到只有两年稍多一点了。而召回的时期也不一致，大多数虽然都是及期而召，但是，及期未召，或是先期召回的，也不少。张居正既已接到丧报，照说他便应该拜疏即行，连夜赶回家乡，去奔临父丧。“奔丧”的这个“奔”字，便含有即行奔回，不及他顾的取义。但是张居正却没有那么做，因为他有不少事要作好安排，他还怕，丁忧时相权易手，会给他招来许多不便，因而更是游移。和张居正一样，李太后、万历、冯保等也都怕张居正会丁忧而去。李太后和万历，怕张居正一走，朝中诸事无人料理，不知如何是好。冯保之怕，却别有所在。自从张居正当国以来，冯保便和他内外接应，相互为利，合作得正好，如今张居正将要丁忧而去，朝中大权将会落入别人之手，一时联合不上还在其次，最怕的是，他和张居正都有些手脚不够干净的事，一旦被人发现实在很为不便。在他们正为这些事而焦急时，张居正也在忙着为自己安排，如何可以早日起复的事情。按照朝中所有的先例，以前的阁臣杨溥、金幼放、李贤等人，他们都是在丁忧后很快便以朝中多故，主政乏人，匆匆忙忙被召回来的。张居正觉得，目前他的情况正和杨溥等人相似，未始不可以加以暗示，做成一条伏线。他是把自己的丧父之事让次辅吕调阳和阁臣张四维代为奏上的，在奏中，张居正便要他们把这些情况都夹叙在内，以便引起李太后和万历的注意。但是李太后和万历虽然都怕张居正离去，却没能注意到这些暗示，他们只能用温旨和手札以示相慰，两宫太后和万历并各赐以加厚的赙金，以见系念的深情而已。张居正觉得，李太后和万历都没有看出他在奏中所加入的那些暗示，心中极为焦灼，但又实在毫无办法，只好耐心等着，以待转机。这时，内阁里又发生了一件不快的事，让张居正大动肝火。原来，按照惯例，每当首辅去位已有三日之时，次辅便可以坐上首辅的座位，而僚属们也要身着绯衣，一致向次辅称贺。张居正在已经奏陈父丧之后，照例便该算是已经离位了，次辅吕调阳在上奏后的第三天就坐到了首辅的位子上，是合理合法，一点也不错的，僚属们都换上了绯衣向吕调阳祝贺，也是合理合法，一点也不错的。不对头的是，张居正原该是片刻不留地去奔丧，他如果已经离开了那里，就一点也不会感到难堪了，偏偏他却还没有离开，眼睁睁地看到了这一幕，可就感到难于忍受了。他想，我还没离开，还留在这里，他们就这么迫不及待地干起来，竟连一刻都等不得了吗？人情这么薄，使他很伤心，他向着自己说，“我如果离开了春明门，再想回来怕就很难了！”为此，张居正决心硬拼上一下，使了个以退为进的招数，一面自己上疏请求回乡守制，一面要冯保想办法来留住他。冯保当然愿意留下他，但是丁忧这件事太大，他实在想不出什么主意来。冯保只有到处去张扬，说是张居正丁忧，多少事都没人顶得住，这可是个难办的事情。

随着张居正的拖延，冯保的叫嚷，通朝上下，很多人都看得很明白，张居正死了父亲，但他自己却不想丁忧回家，还有李太后、皇帝和冯保，他们也不想让张居正回去，但是他们却想不出一个可以把张居正留下来的法子。如果有谁能想出那么个法子，他可就对了缘，要得到不少好处了。很多人都这么苦苦地想着，终于让不久前投在张居正门下的、户部侍郎李幼孜，想出了“夺情”这么个招儿来。所谓“夺情”，是施用于军前的将帅偶逢父母之丧的一种变通的办法。因为出征之际的将帅，若忙着奔丧回家，必会贻误军情，为患不小。为了免于此患，皇帝可以命他移孝作忠，仍在军中墨经理事。这么做，便被称为“夺情”，之所以叫“夺情”，乃是以国事为重，而夺去其亲子之情的意思。这是唯一的可以免于丁忧的一个规例。但它的限制很严，只限于征战之时的军前将帅，如果官居将、帅之职，但并无征战之事，仍然不能用它。至于文官，则可以说，对他是永不会有夺情之举的。因为这夺情一举和张居正是万难有所干连，所以虽然有那么多人都想替他想免去丁忧的办法，但是竟没有人能想到这条路上来。然而，终究还是让李幼孜给想出来了。李幼孜竟想出了这么一招，真使他狂喜不已，马上便上疏论及此事，说是将帅临阵而有父母之丧，其所以要夺情，乃是由于军务紧切，不可临阵易帅。如今国脉系于首辅，较之将帅临阵更为重要，若听其丁忧而去，实比临阵易帅更要险恶万分，望亦以夺情举措而留之于朝，实为至幸……在先，冯保和万历倒也想到了这一招，后来因为这么做实在大有碍于观听，他们不敢出头倡导，如今有人替他们开了个头，当然要即行抓住，开始宣扬起来。那些和李幼孜一样，也想在这件事上显点什么的人，早已自恨落后了一步，想要加紧赶上，加以补救，哪里还要等人宣扬，早已一哄而起，纷纷都以夺情为请，几乎成了狂潮。张居正在这狂潮般的夺情声中，才开始暗暗称幸，觉得他的愿望终于得遂，看来免于丁忧一事，已是势在必成了。但是，争请夺情的人虽然很多，可是出面反对的人却也不少。而且这些反对夺情的人们，几乎都是系天下之人望的人。这些主持舆情的人，在看到张居正得知父丧之后并不火速奔丧，对他已经极端不以为然，如今忽然又出来了什么“夺情”之说，更觉得是件奇谈，他们觉得，这种离经叛道的举动，对于世道人心，实在所关非浅。他们不能视而不见，立即纷纷上言，力陈夺情之说不合正道，败坏人心，实在万不可行。有些人更把笔锋直接指向了张居正，说他这是恋位、不孝。有些论者还列举出了自张居正当国以来他所干的很多坏事。在这些论疏中，编修吴中行所上的一本，是最先递上去的一本，也是说得最切直的一本。在吴疏中，下面所引的一段，是流行于众口，最为人称赏的一段。原文是——

居正父子异地分睽，音容不接者十有九年。一旦长弃数千里外，陛下不使匍匐星奔，凭棺一恸，而责以（左讠右于）谋远猷，调元熙载，岂情也哉！居正自言谨守圣贤义理，祖宗法度。宰我欲短丧，子曰：“予有三年之爱于其父母乎？”王子请数月之丧，孟子曰：“虽加一日愈于已。”圣贤之训何如也？在律，虽编氓小吏，慝丧有禁，惟武人得墨衰从事，非所以处辅弼也。即云起复有故事，亦未有一日不出国门而起视事者。祖宗之训何如也？事系万古纲常，四方视听，惟今日无过举，然后后世无遗议。……

吴中行是隆庆五年（1571）辛未科的进士，而张居正则是那一科的主考，以当时的关系而论，张居正便是吴中行的座师，而吴则是张的门生，说吴中行是张的门下士，是一点勉强之处也没有的。在那种门户盛行的时候，吴中行能够有像张居正那样的一位老师，他在宦途上必然会得意，一般很少有人会去主动得罪这么一位老师的。但是吴中行却不管这些，他不但奏论了张居正，而且还拿了疏文的副本去，当面让张居正先看看。张居正看了，很不自在，他问吴中行：“递上去了吗？”吴中行道：“递上去了。没有递，我也不能拿到这里来。”张居正看看吴中行，越想越气。不想最先攻击他的，竟还是他的门生，这真让他太难堪了！更让他气的是，吴中行的这一疏，影响竟然很大，流传得很广，一下便掀起了论夺情的浪潮，有很多人紧随着吴中行，也大论夺情的非是，败坏了纲常伦礼。这一股斥论风很猛烈，使张居正等人坐卧不安。冯保和张居正在暗中议定，决意要由万历出面，用廷杖来煞住这股论风，要把其中持论最激烈的几个人先行予杖，让他们看看。此话一经传出，又引起了一场论救的风波，并且有很多人，便借着论救，更深论夺情之非是。翰林学士王锡爵更率领着几十名词臣赶到张居正的府中，一致向他求情。张居正推托说，此事与他无干，乃因触怒了主上所致，他实在也无能为力。首批予杖的共有吴中行、赵用贤、沈思孝、艾穆等四人。他们的杖伤都非常重。吴中行在杖后已几乎气绝，他的友人特别找来了专门的医生施以急救，才得死里回生。治疗时刲去了很多腐肉，有些竟大至盈掌，厚有寸余。赵用贤很胖，受杖后，股肉溃脱，有很多块也是大如巴掌。他的妻把那些溃肉收集起来，腊而藏之，用以留示后代的儿孙。这四人正在被杖，有个正在刑部观政的进士邹元标，他又赶上来，把人数凑成了五个，成了被后人所称颂的“五直臣”之一。邹元标是赶着来递上他的论疏而被杖的，他的疏文很激烈，最后更是笔锋直指张居正。他说，“今有人于此，亲生而不顾，亲死而不奔，犹自号于世曰，我非常人也，世不以为丧心，则以为禽彘，可谓之非常人哉？”这几句话激怒了张居正，所以定要迅速予杖。邹元标被廷杖八十，创伤也很重，终其一生，行动都因而不便。

使用了多少非常的手段，张居正的夺情终于被办妥了，他只在回乡葬父时到家乡去了一趟，很快就又赶了回来。在他离京的期间，万历传谕给次辅吕调阳和别的阁臣，让他们只办些细微的小事，较重大的事，则要由驿马加急赶送到江陵，仍要由张居正亲自来核办。这样把重任全寄于一人之身，在明代的历任首辅中实在是空前绝后的。